Los primeros restos arqueológicos de Lardero fueron hallados en el Monte de la Pila y en la Cueva del Moro por Teógenes ORTEGO en el año 1934. Parece ser, por los hallazgos de los restos constructivos y materiales de superficie que el Monte de la Pila fue ocupado por tribus centroeuropeas, genéricamente celtas, entre los siglos VIII y VI antes de Jesucristo, con una economía basada en la agricultura y el pastoreo. La Cueva del Moro habría tenido una finalidad de tipo funerario, convirtiéndose en necrópolis con pisos y dependencias de inhumación en una etapa incierta en la vida del poblado.
Sin embargo, posteriores prospecciones realizadas por un equipo del antiguo Colegio Universitario de La Rioja, no permitieron comprobar tales afirmaciones, practicándose además un pequeño sondeo en la cima del cerro en la que se hallaron los restos de una cabaña utilizada, presumiblemente en época moderna. Mayor interés presentarn los fragmentos de cerámica recogidos en la vertiente meridional del Monte de la Coronilla, tipológicamente con grandes semajanzas con los ajuares correspondientes al nivel III de El Redal, por lo que pueden fecharse en el tránsito de los siglos VIII al VII a.C., en los que ya habría grupos humanos al igual que en otros asentamientos como el de La Custodia de Viana.
El nombre de Lardero proviene, posiblemente, de la época romana, según PASCUAL FERNANDEZ (1984), del latino lardarius (tocinero), por la importancia de sus salazones. De esta época se conservan la calzada, y las villas de San Cristóbal y de Atayo.
La Villa de San Cristóbal se localiza a unos 500 m. al noroeste de la localidad, en la zona de terrazas que luego progresan hacia las cumbres del Pico del Aguila y Punta Malvid; sus cerámicas de cocina y mesa visibles en superficie son bajoimperiales. En esta villa apareció en el siglo XIX (1867) un mosaico del que no se conocen sus características; también han aparecido restos de enterramientos y otros restos: igualmente hay en el lugar los vestigios comunes a toda villa tardoantigua: tégulas, dolias…
En la Villa de Atayo, ubicada en el Km. 327 de la carretera N-111 de Logroño a Soria, a un kilómetro (aproximadamente) al sureste de Lardero, hay vestigios superficiales de una villa tardoantigua, con fragmentos de cerámica y materiales de construcción antiguos, cuya tipología y características remiten a ambientes bajo imperiales. En Atayo existió un asentamiento medieval documentado desde 1066 y que pervivió hasta fines del XVIII; el topónimo probablemente se remonta a la época romana, recordando el antropónimo Ateius, que estuvo muy difundido en Hispania, reforzando los restos del lugar tal hipótesis.
Según nos indica DE GOVANTES, a comienzos del siglo XI se nombra un pueblo con el nombre de Ladrero,que probablemente es Lardero, en el fuero dado a Nájera por el rey navarro D. Sancho el Mayor, confirmado por D. Alfonso VI.
En el año 1040 aparece el nombre de Lardero en la donación que hizo el primogénito del citado rey Sancho el Mayor, García, de una casa y heredad de Juan de Lardero a Aznar Íñiguez, en territorio del río Iregua, a cambio de un caballo; dicho Aznar se hace monje en San Millán, y al fin le deja dicha casacon los aperos que enumera.
En 1047, Munio, abad de Irache, compra varias viñas colindantes entre sí y situadas en Lardero y Torrilas, ambos en la provincia de La Rioja.
Mayor relevancia tiene el testamento de la reina doña Estefanía, esposa del rey don García, el de Nájera, del año 1060. En este documento se especifica la entrega a sus hijos e hijas de distintos municipios con sus términos (“viñas, tierras y huertas”), entre ellos Lardero y Atayo, los cuales dona a sus hijas Urraca y Mayor, respectivamente.
En el año 1350, en tiempos del rey Pedro I de Castilla, Lardero se incorpora a Logroño para evitar su despoblamiento, junto con Alberite y Villamediana. Las tres aldeas serán consideradas como tres quiñones (distritos) más de la ciudad de Logroño. Sin embargo, el comportamiento no será el mismo que el de los quiñones ciudadanos, no solamente por la presencia de jurados o alcaldes (según épocas), sino porque en la cuestión de los impuestos las aldeas debían entregar a Logroño unas cantidades de cereales tal y como en los privilegios de la ciudad se constataban. Así, Alberite y Villamediana tenían que aportar, cada una, 64 fanegas de trigo y otras 64 de cebada; Sin embargo, Lardero, por su menor vecindad, sólo entregaría 6 fanegas de cada tipo de cereales.
En los primeros años del siglo XVI, las aldeas cumplían como cualquier quiñón ciudadano y otras localidades; albergar y mantener a las tropas que fuesen de paso, aportar soldados a cualquier parte que desde las altas instancias se decidiese… Los Reyes Católicos crearon la Santa Hermandan, una especie de milicia dedicada a mantener la paz; los alcaldes de esta Santa Hermandad eran los encargados de dirigir la citada milicia. Las aldeas tenían por costumbre nombrar un cuadrillero en cada una de ellas; el resto sería de la ciudad: La situación se mantiene sin contratiempos hasta que en 1557 las aldeas no aceptan esta situación, recurriendo a la Chancillería de Valladolid, que resuelve el pleito indicado indicando que los “…Concejos de Alberite y Lardero puedan nombrar y nombren cada uno dellos su quadrillero los quales admitan y rresciban los alcaldes de la hermandad de dicha ciudad y consientan usar los dichos oficios so pena de cada 20.000 maravedís…”
A partir del año 1603, los jurados pretendieron ser llamados alcaldes (uno por el estado noble y otro por el estado general o estado llano) y a titularse justicia y regimiento, alo que se opuso Logroño, petición que se convirtió en 1613 en franca declaración, titulándose ya alcaldes los jurados de las tres aldeas, puestos de acuerdo para este fin; al ver la actitud de Logroño y conociendo que era infructuoso su propósito desistieron de su actitud. Transcurrido algún tiempo los jurados de Lardero fueron los primeros que se atrevieron a decir al representante ante el Concejo de la ciudad, el 8 de enero de 1624, que lo hacían como alcaldes y no como jurados; y rechazada su pretensión en el acto y compelidos a que prestasen juramento cual siempre lo hicieran, mandando se les condujera a la cárcel. en su empeño obedecieron sin replicar quedando nuevamente conjurada la tentativa de exención de la tutela de la ciudad.
En 1642, por cédula real, en Alberite podía haber alcaldes y podían llevar vara de justicia; algo similar ocurrió en Villamediana a partir de 1643. Lardero tardará todavía dos años hasta que sus representantes puedan jurar como alcaldes, no pudiendo llevar la vara hasta 1678.
Después de una serie de vicisitudes, las tres aldeas trataron en 1647 de eximirse por completo de la jurisdicción de Logroño. Consiguieron a finales de este año de 1647, por real cédula ganada a pedimento del pequeño concejo, que los alcaldes de dicho lugar, sini ncurrir en pena alguna, pudiesen jurar el día de año nuevo en su ayuntamiento sin pasar a hacerlo al de Logroño; se les autorizaba además “para vender 30 fanegas de trigo para la paga de la cantidad con que habían servido a S.M.”
El problema no acaba con el nombramiento de 1647 ya que en 1656 se hace necesaria una nueva ejecutoria de Felipe IV, en la que se confirma el nombramiento de estos alcaldes y de sus atribuciones sobre asuntos del campo. De este modo se pone fin al pleito entre “el conçexo justicia e rregimiento e vecinos y procurador general dela ciudad de Logroño de la una parte = Y el conçexo e vecinos de el Lugar de lardero de la otra”
A pesar de independizarse de la capital logroñesa sus antiguas aldeas de Alberite (en 1668), y Villamediana (en 1680 de un modo efímero, ya que en 1682 se reintegra a Logroño, y de modo defiitivo en 1794), Lardero no siguió el mismo camino, quizas porque su economía fuese más débil o por reconocer la dificultad de obtener la exención; su deseo de independencia apareció sólo de forma esporádica en 1673. Lo que sí intentó conseguir Lardero del Concejo de Logroño fue la concesión a sus alcaldes del privilegio de poder usar vara de justicia, que venía a ser como la insignia acreditativa de la autoridad que recaía en su poseedor; tal petión fue finalmente atendida en 1687.
En el siglo XVIII es puesta de nuevo en entredicho la autoridad de estos alcaldes ordinarios por lo que es necesaria otra ejecutoria en 1779, en este caso de Carlos III, en la que se confirma su autoridad. Se promulga con ocasión de un litigio entre el corregidor de Logroño, Juan José DE CAÑAVERAS, y el Procurador Síndico de Lardero, Pedro GIL, como representante de sus vecinos, sobre si estos alcaldes ordinarios eran de primera instancia o no y si les correspondía a ellos como jueces de campo, o al corregidor de Logroño, la imposición de una multa de doscientos maravedís a los infractores de la limpia de varios ríos en Lardero. Se quejaba el corregidor de Logroño porque los alcaldes de Lardero no habían limpiado el río Sequero, “en perjuicio de los panes y las viñas por las que transitaba” y decidía, mediante sentencia, que el pago debía hacerse conforme a las ordenanzas, en decir con un reparto proporcional de los costes de la limpieza de los ríos por heredamientos, y a razon de las fanegas.
En virtud de esta carta ejecutoria de 1779 se revoca también otra sanción de seiscientos maravedís que había imuesto el citado corregidor; en ella se confirmaban de nuevo los poderes de los alcaldes ordinarios.
Ya en el siglo XIX (1834), Lardero se independiza de Logroño. Previamente, el municipio se había titulado villa, y no lugar como hasta entoces, durante el denominado trienio liberal (1820-23)